Su carrera profesional se mueve en distintos ámbitos: es autor, dramaturgo, director de escena y narrador oral.
Desarrolla su trabajo teatral principalmente en La Compañía Barataria desde 1998.
En 2011 fue galardonado con la mención «White Ravens» por la Internationale Jugendbibliothek (International Youth Library) de Múnich (Alemania), por su obra Antonino contra el tiempo. Y en 2013, el diario El País, selecciona su libro Soy pequeñito, como uno de los diez mejores álbumes infantiles del año. A partir de aquí, con una treintena de títulos publicados, su obra ha sido traducida y editada en Brasil, Polonia, Letonia, China, Taiwán, Italia y Francia.
Pero el crisol del conocimiento del universo infantil de Juan Arjona, es su teatro para niños, donde, junto al equipo artístico de La Compañía Barataria, investiga, crea y juega a dimensionar las historias y sus múltiples lenguajes. Espectáculos como «¡Al agua pato!», «Irás y no volverás», «Dale al botón», “La cocina de Magic Chef”, “El viajecito” o “El Lenguaje de las Azoteas”, son solo un ejemplo de su vasta trayectoria en el teatro para la infancia y la juventud.